Pipetu treba redovito održavati prema učestalosti uporabe, ali barem svaka 3 mjeseca provjeriti ima li pipete prašine i prljavštine, obratiti posebnu pozornost na konus usta. Dugotrajno održavanje zahtijeva čišćenje unutrašnjosti pipete i mora ga demontirati obučeno i kvalificirano osoblje.
1. Čišćenje pipete
Unutarnje čišćenje prvo mora rastaviti donji dio pipete. Rastavljene dijelove treba ribati sapunastom vodom, deterdžentom ili 60% izopropilnim alkoholom, zatim isprati dvostrukom destiliranom vodom, osušiti, a zatim premazati pamučnim štapićem na površini klipa. Nanesite tanki sloj silikona za podmazivanje; brtve općenito ne trebaju čišćenje.
2. Sterilizacija pipeta
Može se sterilizirati konvencionalnom sterilizacijom visoke temperature i visokim tlakom ili sterilizacijom ultraljubičastog zračenja.
3. Uklanjanje kontaminirajućih nukleinskih kiselina na pipeti
Rastavljene unutarnje i vanjske čahure s donjeg dijela pipete namočite u otopini za čišćenje na 95°C 30 minuta, zatim isperite rukave dvostrukom destiliranom vodom, osušite na 60 °C ili potpuno osušite i na kraju ih stavite u klip. Na površinu nanesite mazivo (silikon) i sastavite dijelove.